Rappel à la loi suite à changement de fenêtres

Je suis propriétaire de mon habitation depuis mai 2006 et père d'un petit garçon de 3 ans. A la suite de mon acquisition, nous avons fait changer les menuiseries bois vetustes de mon habitation par des menuiseries PVC en urgence afin d'éviter les déperditions d'énergie avant l'hiver.
La société Huis clos nous a proposé la meilleure offre (17600€), nous informant, par le biais de son commercial, qu'il n'était pas nécessaire de faire une demande de travaux préalable.
Quelle ne fut pas surprise quand j'ai reçu dans ma boîte aux lettres un courrier de la mairie de mon village qui me demandait une autorisation de travaux?
J'ai donc effectué cette demande de travaux alors que la pose de ces fenêtres était quasiment terminée.
Cette dernière m'a été refusée par les Bâtiments de France car j'ai appris que mon habitation se trouvait en périphérie d'un monument historique : l'Eglise.
Un rappel à la loi m'a été signifié par le procureur en janvier 2008 me laissant 3 mois pour effectuer les travaux conformes à la volonté des BDF.
En cours de divorce et gagnant un salaire correct (1800€) mais sans plus avec l'éducation de mon fils, je n'ai pu trouver les fonds nécessaires pour effectuer les travaux nécessaires.
Que dois-je faire pour éviter une condamnation (digne d'un grand criminel)?
Dois-je mettre en cause la société Huis Clos pour défaut de conseil?
Dois-je attaquer cette dernière ou trouver un terrain d'entente pour qu'elle effectue les travaux?
Merci de vos infos.
Highland