Permis de construire et avenants constructeur

Bonjour,

Nous avons signé un CCMI avec notre constructeur.
Le permis, à lui, été déposé par un architecte (hors constructeur).
Le permis déposé par l'architecte comporte sur les plans des modénatures et un vélux. Ceux-ci n'ont pas été signifiés sur le CCMI car nous souhaitions faire ces travaux nous même.
Aujourd'hui le permis est en cours d'instruction (obtention dans normalement 2 mois) et notre constructeur nous demande soit de régler plus de 3500.00€ d'avenants pour ses modénatures et ce velux qui n'ont pas été notés dans le CCMI, soit de faire une demande de modificatif.
Si nous demandons ce modificatif, nous perdons un mois et demi car toute l’instruction du permis doit recommencer de 0...
Le constructeur est-il en droit de nous obliger à régler ses avenants ?
Car nous lui avons demandé de nous faire signer un document qui atteste que nous assumerons ces travaux nous même mais il ne veut rien savoir.

Je vous remercie par avance de vos réponses et de votre aide.

Bien cordialement