Délai de réalisation de travaux trop long et refus de paiement

A la remise des clés de mon pavillon neuf,en avril 2006, il restait quelques travaux à réaliser (étanchéité d'une cloison, carrelage d'un balcon et d'un escalier) que la société de construction s'était engagé à faire dans les 2 mois. Elle ne devait encaisser le chèque correspondant aux travaux restant soit 3000€ qu'après la réalisation totale des travaux.
Les 2 mois sont passés sans aucun travaux, puis les vacances d'été et enfin l'automne très froid ne permettant pas des travaux extérieurs.Nous avons donc accepter de reporter ces travaux au début de l'année 2007 et finalement ils n'ont été réalisés qu'après 2 lettres recommandées en novembre 2007.
mais à cette date le chèque n'était plus encaissable car datant de plus d'un an.
Nous avons refusé à 2 reprises de leur refaire un chèque de 3000€ en prétextant que le retard d'encaissement venait uniquement de leur faute car ils n'avaient pas réaliser les travaux dans le temps imparti.
Aujourd'hui, nous avons reçu une lettre d'une société de recouvrement des créances pour ce litige nous demandant de payer les 3000€ plus des frais de dossier et des pénalités de retard.
Que pouvons-nous faire??
Devons-nous payer car les travaux ont tout de même été réalisés mais avec 18 mois de retard au lieu des 2 mois initialement prévus?
Ou pouvons nous contester ce paiement légalement suite à des délais trop longs??
Merci de nous répondre rapidement car le délai de paiement arrive à expiration.