Legislation des congés payés pour les cae

Bonjour,
Je suis en CUI-CAE. Mon contrat initial est de 26heures par semaine. Nous travaillons du Lundi au Jeudi de 9h à 12h et de 13h à 17h. Mon employeur est une association qui oeuvre dans la réinsertion professionelle. Le siège est dans une ville et ils viennent d'ouvrir une nouvelle structure dont je dépends dans une autre ville. Sur le site du siège de l'association, ils travaillent du lundi au samedi sous forme d'équipe. Sur le nouveau site, déclaré indépendant aux yeux du conseil général et de l'état, nous ne travaillons que du lundi au jeudi.
Le problème est le suivant : si je prends un jour de congé le jeudi, on me comptabilise la journée de vendredi et de samedi. Si je prends le lundi, idem. Soit, un de ces jours pris équivaut à 3 jours réels.
Est-ce légal? quels recours?
De plus, pour ce type de contrat, un projet professionnel doit être mis en place avec possibilité de formation. Sachant que j'ai pris mon congé jeudi et lundi pour participer à une formation en lien avec mon projet professionnel, ont-ils le droit de me comptabiliser 4 jours de congé alors que je n'en ai réellement pris que 2?
D'avance merci.