Expatriation et declaration de mon employeur

Bonjour,

Ma societé m'a fait un avenent de transfert d'une durée d'un an au Bresil l'année derniere.
J'ai des doutes sur la facon dont a procedé mon entreprise pour mes declarations a l'etranger, les primes...
J'ai donc travaillé durant un an a Sao Paulo sans toucher de salaire sur place. Je continuais a percevoir mon salaire en France. Avant le depart, il a été negocié que je toucherai une prime de deplacement qui serait versé sur le salaire francais et un salaire en plus versé au Bresil. Du a des problemes administratifs, ma societé a versé la totalité sur le salaire francais en declarant comme "prime exceptionnelle", non exoneré d'impots.
Sur mes fiches de paie, rien n'indique que j'etais a l'etranger.
Ma declaration d'impots est donc partie aux non-residents, je crains de devoir payer une difference d'impots et que le Tresor public ne comprenne pas trop...
Ma societé est elle en droit?
Ai je un recours?
Merci pour votre aide et certains eclaircissements!