Indémnité pour jours perdus

Bonjour,
J'ai été en maladie professionnelle jusqu'au 25 juillet. Ma patronne ne m'ayant jamais fait passer de visite médicale, a laissé trainer les jours et ne m'a convoqué que le 4 aout. Pendant ces quelques jours, les médecin du travail m'a conseillé de ne pas reprendre le travail, car je suis inapte mais ce sera confirmé à la troisiéme visite qui sera le 27 aout. Un controleur du travail m'a conseillé de demandé une indémnité pour ces jours perdus, elle a refusé et m'a proposé des mettre ces jours en congés. Je n'ai pas accepté. Esce légal de passer ces jours perdus en congés? Ai-je droit à une indémnité payé par ma patronne pour les jours qu'elle m'a fait perdre.