Congé parental dans la fonction publique

Bonjour,
Je me permets de vous ecrire car je suis actuellement en litige avec mon responsable.
je suis actuellement stagiaire dans la fonction publique hospitaliere, en novembre 2009 j ai eu mon premier enfant, j ai pris alors un congé parental de 6 mois a temps partiel a la suite de mon congé maternité , celui ci debuté en mars et se terminé en septembre.
J informe par courrier mon employeur 2 mois avant la fin de mon congé de ma volonté de reprendre mon activité a temps plein en septembre.
En juillet j apprend une nouvelle grossesse qui malheureusement ne se passe pas tres bien donc mon medecin me met en arret maladie ou je suis toujours.
en septembre mon employeur refuse donc de considere ma reprise a plein temps et la fin de mon congé a temps partiel a cause de mon arret maladie, es ce legal? ne doit je pas reintegré un poste egal a une remuneration egale d avant mon congé parental?
Merci de me repondre