Partie de salaire deguisee en indemnites de transport et frais

Bonjour et merci d’avance à ceux qui pourrons m’aider voire m’éclairer.
Ma question concerne une partie de rémunération déguisée en indemnités de transport et frais réels.

Autodidacte au savoir faire peu répandu, j’ai intégré une entreprise industrielle en 2007 après avoir fait mes preuves à l’étranger puis en France. Ceci le but d’être développeur produit de l’enseigne commerciale.

Durant les négociations qui ont précédé mon embauche mon futur patron a jugé mes « prétentions » trop élevées. Ayant peu de débouchés dans la région, j’ai accepté, non seulement de les revoir à la baisse, mais aussi de recevoir une partie de mon salaire sous forme de « pseudo indemnités de transport » pour une partie, ainsi que de « frais réels » pour une seconde.
Ceci à sa demande et faisant appel à ma « compréhension », les indemnités n’étant pas soumises aux cotisations sociales.
Entendez bien que celles-ci n’étaient que du salaire déguisé et en rien des indemnités. Je n’ai d’ailleurs jamais fournis aucune facture pour être remboursé de quoi que ce soit.

La société était en début de phase de développement à mon entrée, et le service RH n’existait pas encore.
Je suis donc passé du niveau 3 / échelon 3 chez mon ancien employeur à rien aujourd’hui, ma fiche de paie n’indiquant ni niveau ni échelon, seulement « employé ».

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Pendant deux ans sans compter mes heures j’ai assumé mon travail, autant qu’il m’était possible, sans formation aucune de la part de l’entreprise.
Depuis un peu plus d’un an mon travail a porté ses fruits puisque j’ai développé plusieurs gammes de produits qui ont fortement influencé et amélioré l’image de la marque.

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Cette semaine la direction m’a convoqué car elle « émet des doutes sur mes capacités à répondre à mes fonctions, et à développer ma « section » ».
Ces reproches sont tout simplement ordurières car aucune formation ne m’a jamais été dispensée.
…
Mais le plus infâme est qu’aujourd’hui, pour cette « incapacité à étendre encore mes fonctions» qui m’est reprochée, on me menace de supprimer mes « pseudo frais réels » et de réduire de 60% mes « pseudo indemnités de transport » qui ont toujours été du salaire déguisé. Ce qui représenterait une chute de 25% de mes revenus.

Cette menace est elle applicable ?

Sachant que ces indemnités ont depuis le début toujours été versées.
D’autre part, bien que déguisées, ne paraîtrait t-il pas évidant de par leur constance qu’il s’agit de salaire et non d’indemnités?