Omission de certaines charges sur fiche de paie

Bonjour,
Mon compagnon travaille depuis le 14 avril 2011 dans une nouvelle société.
Au 4 juillet, son patron s'est rendu compte que sa comptable (qui n'est là que quelques jours par mois, comptable extérieur à la société) s'était trompée dans les fiches de paie de mon compagnon (et pas sur celle de l'autre employé) depuis le début de son contrat en omettant des charges comme la CSG, le chômage, la retraite, ... pour un taux total de 13,60 % !!
Cela fait 515 euros perçu en trop.
Mon compagnon touchant un petit salaire, il a demandé s'il pouvait faire des heures supplémentaires pour rattraper l'erreur de la comptable au lieu d'une déduction sur les salaires à venir, ce que son patron a accepté.
Mais je viens de voir avec la comptable de mon travail, et après calcul, ça le fait travailler 56 heures soit 8 jours complets pour rattraper l'omission !
Ne serait-ce pas à la comptable de prendre en charge son erreur ou au patron d'assumer plutôt qu'à l'employé ???
Merci de vos réponses, nous ne savons vraiment pas quoi faire ...