Débit des salaires versés sur mon compte

Bonjour.

J'ai effectué un stage et des "rémunérations" mensuelles m'ont été remises par chèques. Je souhaiterai savoir si après les avoir encaissés , une banque peut me les redébiter de mon compte ? C'est ce qui s'est passé 1 semaine suivant la date de dépôt des chèques.

Voici le contexte de ma situation :
j'ai rompu ma convention de stage et l'entreprise dans laquelle je travaillais a décidé de faire opposition "pour perte" aux chèques (alors que l'un m'a été remis en mains propres, et l'autre m'a été envoyé par courrier en lettre recommandée).

L'entreprise a récupéré mes salaires perçus car mon stage a duré 2 mois au lieu de 6. Leur argument est que je n'ai pas travaillé 3 mois au sein de leur société comme sont les conditions de la récente loi relative à la rémunération des stagiaires.
Cependant, s'agissant d'une convention de stage et non d'un contrat de travail classique, les conditions sont différentes selon mes sources.

Je souhaiterai avoir vos avis et vos conseils sur des démarches à effectuer.