Conges payés, départ en retraite et arrêt de travail

Bonjour,
J'ai un dilemme : Je suis partie en retraite le 1er mai 2016. j'étais en arrêt maladie depuis le 10 février suite à un accident de ski jusqu'au 30 avril. Je n'ai pas pu prendre mes congés sur l'année 2016. il me restait 11 jours. Mon entreprise me réclame par courrier que j'ai reçu le 27 avril le remboursement d'un salaire à demi-traitement à partir du 25 avril jusqu'au 30 avril car je dépassais les 90 jours d'arrêt maladie avec l'année 2015 mais ne me propose pas de me payer ces congés payés. Que puis-je faire ? Si avant cette date il m'avait gentiment avertie j'aurais poser mes congés en lieu et place de l'arrêt de travail ???