Non respecr du cadre légal par l'entreprise et licenciement

Bonjour,
Je voudrais savoir si un tribunal peut prendre des décisions sanctionnant le travail d'un salarié, lorsque l'entreprise ne respecte pas le cadre légal.

J'explique....
Le cadre de travail est une des structures d’un établissement social, accueillant des enfants confiés par l'Aide Sociale à l'Enfance.
Au cours de la procédure auprès des prud'hommes, un témoignage émanant d’un responsable des autorités de tutelle a établi que la structure ne respectait pas le cadre légal, et ce à la demande de ses propres services.
La justification de cet état de fait est qu’il ne s’agit « que » d’un établissement social ( !!!!!!!!!!!).
Donc l’établissement en question échappe au cadre légal, est « hors la Loi ».
Du coup, les décisions, les choix sont livrés au libre arbitre des différentes instances responsables de la structure (direction de l’association gestionnaire, autorités de tutelle, financeurs, etc…).
Chacun ayant, bien entendu, des priorités différentes !

Le cadre éducatif responsable de la structure concernée a été licencié pour faute grave, au motif qu’il était inapte à organiser son service dans le respect des souhaits des donneurs d’ordre, et dans le respect du cadre légal.
A mon avis, à moins d’être magicien, c’est mission impossible !

Je ne suis pas juriste, et je ne vois pas trop comment un juge peut prendre une décision concernant le bien ou le mal fondé de quelque chose qui se passe dans un lieu de non droit; ça ne peut pas être autrement que "hors la loi".
Est-ce que, dans ces cas là, le tribunal juge quand même, ou est-ce qu'il peut dire que ce n'est pas dans ses compétences?

A ma façon de voir, si il juge, il se met automatiquement hors cadre légal, puisqu'il intervient dans quelque chose qui est hors cadre légal.
Sa décision est forcément arbitraire.

Je ne sais pas si je suis clair....
N'hésitez pas à me poser des questions, si besoin est!
Merci d'avance!