Remboursement congé maternité! et pas d'indemnités journalières!

Bonjour,
Je vais vous explique ma situation dans l'ordre dans le temps:
1) je signe mon contrat doctorale (CDD de 3 ans) en novembre 2011
2) je fais ma déclaration de grossesse en janvier 2012
3) janvier 2012, mon employeur m'envoi un courrier disant que je percevrai tout mon salaire pendant mon congé maternité
4) en mai 2012, la sécurité sociale m'informe que j'ai pas le droit aux indemnités journalières parce que je n'ai pas cotisé pendant au moins 10 mois
5) juin 2012, mon employeur m'envoie un courrier disant que je devais pas percevoir mon salaire pendant mon congé maternité
6) janvier 2013, mon employeur me réclame la somme de 6200 euro ( le salaire pendant mon congé maternité)
7) de janvier 2013 à février 2014 : mon employeur extrait la somme de 6200 de la source.

A ce jour, j'ai remboursé toute la somme demandée, mais j'aimerai bien savoir si cette situation est légale ?
dois-je réclamer ces indemnités à la sécu ??

Cordialement.