Temps partiel et congés maladie

Bonjour,
Je suis agent territorial en Cessation Progressive d'Activité. Je travaille une semaine sur deux.
J'ai des problèmes de santé qui me  conduisent à avoir de nombreux arrêts de travail, qui me sont prescrits durant mes semaines de travail.
1 - Je souhaite connaître mes droits à congés de maladie, et en particulier à partir de quelle durée totale de congés maladie, mon traitement passera à 50%: 90 jours ou 45 jours ?
2 - D'autre part, quelle est l'incidence sur ma retraite des arrêts de travail (en l'occurrence j'aurai droit d'ici une année une retraite pour carrière longue)
Cordialement