Remboursement de salaire versé suite à congé maladie.

Bonjour,
Je suis fonctionnaire publique territoriale titulaire.
Le 23 juillet 2008 j'ai été mise en congé maladie suite à ma grossesse dont le début de congé maternité débutait début novembre.
J'ai perçu l'intégralité de mon salaire durant cette période et ne me suis jamais posée de question.
J'ai repris mon travail après mon congé maternité soit fin mars (cumul des congés annuels)
Je suis de nouveaux tombée enceinteen avril 2009.
J'ai été mise en congé maladie pour état de grossesse incompatible avec mon activité mi-juillet 2009.
Nous sommes fin novembre et jusqu'à maintenant, j'ai perçu l'intégralité de mon salaire.
Et là, les ennuis commencent:
La comptable m'appelle cette semaine et me dit qu'il y a une erreur, j'ai perçut trop de salaire depuis l'année dernière.
Elle m'explique qu'il y a 15 jours en 2008 que j'aurais dû percevoir à demi-traitement. Et qu'en 2009 toute la durée de mon congé maladi doit être perçu à demi-traitment.
Autrment dit je doit leur rembourser au moins 4000 euros!
Je ne comprends pas pourquoi je commence à demi-traitement mon congé maladie 2009 dès le début de mon congé et non pas au bout de trois mois étant donné que j'ai repris le travail après mon congé maternité sur une durée de 3 mois environ.
Si vous avez des textes juridiques à me communiquer, je suis preneuse, merci.