Fin de contrat cdd en cous d'un arrêt de travail

Je suis actuellement en arrêt de travail depuis le 16 juin 2007 suite à un acident de la voie publique.
J'ai eu une fracture ouverte du tibia qui ne se consolide pas encore à ce jour. Mon employeur m'a réglé mes salaires complétement depuis et m'a dit que tant que mon arrêt durait, mon CDD perdurerait.
Ce matin, il m'a appelé pour m'annoncer qu'il avait fait une erreur et que mon contrat s'arrétait le 31 décembre comme prévu initialement.
Dois je m'inscrire comme demandeuse d'emploi au 1er janvier, alors que je suis en arrêt de travail et que je dois encore percevoir au 31 décembre, les 5 semaines de congés payés que je n'ai pu prendre ?
Quelles sont les démarches a effectuer ?