Contrat d'apprentissage pendant un arrêt maladie

Bonjour,
Je suis actuellement militaire en arrêt de longue maladie et je souhaite reprendre mes études à la rentrée en BTS. Certaines écoles où je me suis inscrit sont en alternance et sont pretes à me prendre dès que je trouve un patron.
Je suis payé par l'armée pendant mes deux ans d'écoles mais pour arrêt maladie. En théorie il serait possible d'entamer un contrat d'apprentissage non rémunéré car rémunéré par l'armée mais mon statut de salarié en arrêt maladie entrave t-il un possible contrat d'apprentissage?
Mon arrêt de longue maladie en tant que militaire et un futur statut d'apprenti (non rémunéré) ne s'opposeront-ils pas?
Merci de me répondre au plus vite!