Arrêt maladie et annualisation

Bonsoir,
Je suis mécanicien agricole,convention collective 3131. Nous sommes considérés travailleurs avec semaines hautes et basses. Je vais être opéré le 18 septembre et donc je risque d'être arrêté environ 6 mois sur la période basse.
L'année civile de mon entreprise commence le 1 avril ,nous sommes en annualisation 35 heures ,et je vais effectuer 847 heures entre le 1er avril et le 17 septembre 2017 selon la projection. En calculant sur une base de 35 heures par semaine lors de mon arrêt,j'ai déjà effectué mon quota d'heures et même au delà.
Mon patron me dit que je n'aurais pas d'heures supplémentaires payées au vue de la régularisation annuelle car étant arrêté en semaines basses, il va mettre une moyenne d'heures inférieures à 35h/semaine.
J'aurai donc travaillé 22 semaines plus 2 semaines de congés payés,et serais 28 semaines en arrêt.
Est il en droit de pouvoir faire cela sachant que depuis que j'y travaille (soit 14 ans) j'ai toujours effectué 35 à 39h par semaine en semaines basses et 40 à 44h en semaines hautes?
Est ce que je perds aussi le bénéfice de mes congés payés mensuel durant l'arrêt ?
Merci d'avance pour votre réponse.