Probleme de loyer et clause penale

Bonjour,
Mon agence de location me demande de régler un impayé de loyer, hors j'ai toujours payé l'intégralité de mon loyer par chèque.
Il ya a aussi des frais qui serait liés au retard du paiement de loyer que je ne regle pas toujours le premier jour du mois.
Aussi depuis 4 ans et malgré une demande avec AR il y a un an, la régularisation des charges n'a jamais été faite. J'ai également demandé le remboursement des frais d'avis d'échéance qui m'ont été facturé pendant 3 ans (clause abusive) mais je n'ai pas eu de réponse.
Dans les clauses particulieres liées au bail il y a un paragraphe sur les frais de relance rédigé comme suit (clauses que je n'ai pas signé car pas eu en main propre, mais acceptées d'office car liées au bail de location):
A défaut de paiement à son échéance exacte du loyer et de ces accessoires, les sommes feront l'objet de relances par l'agence chargée de la gestion du logement. Le locataire s'engage à participer aux frais afférents à ces relances à titres de clause pénale et de manière forfaitaire convenue aux sommes suivantes :
1 lettre de relance simple : 10 €
1 lettre de mise en demeure avec AR en cas d'échec de relance simple : 30 €
 
Je voudrais savoir si cette clause est légale, ce qui me semble être le cas étant donné qu'il s'agit d'une clause pénale, mais j'ai un doute quant à la réciprocité.
J'aimerais savoir comment prouver mes paiements de loyer puisque les relevés de compte ne sont pas une preuve me semble-t-il et que les avis d'échéance sont érronés.
Egalement comme l'agence ne me rembourse pas les frais d'avis d'échéance et qu'ils ne font pas la régularisation des charges, puis je faire appel a la DGCCRF ou n'est ce pas de leur ressort ?
Je vous remercie d'avance pour vos réponses!

puisque les relevés de compte ne sont pas une preuve me semble-t-il

Mais bien sûr que si les relevés de compte sont une preuve.

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La justice est ce qui est établi et ainsi toutes nos lois établies seront nécessairement tenues pour justes sans être examinées, puisqu'elles sont établies...
B. PASCAL

Vous envoyez une LRAR au bailleur (et non à l'agence) exigeant la régularisation des charges et faites les comptes sur tout ce qu'ils vous ont fait payer (frais de relance, c'est clairement interdit dans la loi de 89 sur la location vide), en exigeant le remboursement. Indiqué que vous avez demandé ça plusieurs fois à l'agence sans réponse, et que donc en l'absence de réponse, vous saisirez le TP pour le remboursement des sommes indiquées et de toutes les avances sur charges locatives depuis que vous êtes dans les lieux.