Litige entrepreneur devis/facturation

Bonjour,
Nous venons d'acheter une maison et avons fait effectuer des travaux par un artisan avec qui nous avons acccepter un devis. L'artisan nous envoie la facture (alors que les travaux ne sont pas terminés), mais sur cette facture apparaît les prix des matériaux (baignoire, meuble salle de bain, escalier ...) avec les prix ht sur sa facture, qui correspondent en réalité aux prix TTC (19,6%) qu'il a payé chez le fournisseur et nous ajoute sa TVA à 5,5 % (Factures fournisseur à l'appui qu'il nous a données). De plus, des travaux non établis lors du devis mais bien effectués apparaissent sur cette facture (plancher refait....), ainsi que ses consommables (gaz, accessoires disques acier...). Pour régler le problème à l'amiable, je me rends à son bureau afin de lui expliquer que je conteste le prix des matériaux ainsi que la facturation des matériaux. Celui-ci me répond qu'il va refaire le calcul, mais qu'il peut me rajouter une marge de 10 à 20 % pour arriver au prix du devis initial. A t-il le droit , alors que cette marge n'été pas préciser sur le devis ? Peut-il nous faire payer 2 fois la TVA (19,6 et 5,5 %) ? Combien de temps avons-nous pour contester une facture payée ? Celui-ci nous a fournit une attestation de fin de travaux avec une TVA à 5,5 % datée du 25 octobre 2010, alors que les travaux ne sont pas finis à ce jour, devons nous faire constater par un huissier ?

En vous remerciant par avance,