Litige avec le cabinet de maitrise d'oeuvre

Bonjour,
Suite à l'incendie de l'immeuble ainsi que de notre appartement en octobre 2008,la copropriété a choisit une société"Maitrise d'oeuvre",pour les travaux du batiment,et nous avons accepté,(encouragé par la copropriété),que cette entreprise gère la reconstruction de notre appartement.
Notre architecte a fait les plans,et les dimensions de la dalle en béton à l'étage n' ont pas été respectées.
Nous avons,suite à cette grossière erreur modifié les ouvertures fenetres,et constatons aujourd'hui que nous avons perdu en confort visuel et accoustique.
L'entreprise n'a pas suivi les travaux de manière efficace car nous avons aussi perdu des centimètre de hauteur de plafond dans les chambres mansardées,et avons été obligés de faire fabriquer des placards "sur mesure"dans la cuisine car l'angle des escaliers n'a pas été respecté.
La facture est de 3000euros.Nous avons réglé 1000euros.
L'entreprise nous menace de porter l'affaire en justice.
QUELS SONT NOS DROITS?
Cela me parait légitime de ne pas régler l'intégralité de cette facture,mais sommes nous dans notre droit si nous refusons de payer pour des travaux non conformes?
Je vous remercie sincèrement pour vos réponses.
Cordialement.

Bonjour,

Une expertise s'avère indispensable, voyez votre avocat.

Cordialement