Arrêt de travail et licenciement

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Bonjour,
j'ai été reconnu inapte à mon poste par la médecine du travail, donc je suis en situation de reclassement;
Mon médecin me fait actuellement des arrêts de travail pour maladie professionnelle, doit-il continuer ou peut-il me faire un certificat de reprise sachant que je suis inapte à mon poste?