Pacs et Frais Réels refusés

Bonjour,
Ma compagne et moi avons conclu un PACS en juin 2012. Par obligation professionnelle (mutation), elle a dû s'éloigner du domicile conjugal pour aller travailler à 400km de chez nous. Cela engendrant automatiquement des frais supplémentaires lié à une double résidence. Nous avons donc calculer les frais réels afin de prévoir l’impôt à régler en 2014 sur les revenus de 2013. Mais après un petit coup de téléphone aux impôts pour quelques précisions sur quoi déduire, c'est la douche froide... En effet, la personne nous explique que si nous sommes pacsés sous le régime de la séparation de bien, les frais réels ne peuvent s'appliquer. Nous avons pourtant fait une déclaration commune en 2013 (sur les revenus 2012) et surtout nous avons une résidence principale commune. Nous habitons et vivons ensemble.
Doit-on modifier la convention de Pacs? Et s'assoir sur les frais réels de 2013?
Merci de votre aide qui serait vraiment la bienvenue..