Fiscalité vente habitation principale suite à mutation

Bonjour,

J'ai acquis, en 2009, un appartement pour habitation principale sur l'île de St Martin (971) où j'ai vécu 17 ans.
En juillet 2013, j'ai décidé de rentrer en France pour aller vivre avec mon nouveau compagnon et tenter de créer mon entreprise. Dès la décision de mon départ, j'ai mis en vente mon bien mais étant donné le marché de l'immobilier j'ai mis 2 ans avant de réussir à trouver un acquéreur. J'ai pourtant tout mis en oeuvre pour pouvoir vendre cet appartement (mandats de ventes à différentes agence, annonce de particulier à particulier, baisse du prix de plus de 20%.
De plus, j'avais réalisé beaucoup de travaux d'amélioration et d'agrandissement de l'appartement. Dans ces travaux que j'ai fait réaliser par des artisans, j'ai fourni une partie des matériaux.

J'ai donc 2 problèmes:

1 - L'administration, ne veux pas tenir compte des factures d'achats de matériaux que j'ai acquis moi-même pour le calcul de la plus value.

2 - Les impôts considèrent que ce bien est une habitation secondaire du fait que je n'y réside pas au moins 8 mois dans l'année et veulent me taxer sur une plus valus dans laquelle ils n'incluent pas les frais réels qui ont été engagés pour l'achat des matériaux.

Est-il normal de vouloir m'imposer sur une résidence secondaire, qui pour moi n'en a jamais été une, et de me rendre responsable des difficultés que j'ai eu à vendre compte tenu de la crise immobilière. D'autant que j'ai eu à rembourser pendant 2 ans de grosses échéances de prêt puisque j'avais dû emprunter la totalité pour financer l'acquisition de mon bien, payer les charges de co propriété et cela alors que je suis au chômage depuis mon départ de St Martin.

J'ai lu que les personnes qui acheté un bien, soit pour leur retraite, ou en prévision d'un retour de l'étranger ou de l'outre mer avait jusqu'à 6 ans pour occuper leur habitation sans qu'on la considère comme une habitation secondaire. De la même manière n'existe-t-il pas une loi qui dit qu'on bénéficie d'un délai pour vendre son habitation principale, dans la mesure où on a mis tout en oeuvre pour s'en séparer?

Merci d'avance pour les réponses que vous pouvez-m'apporter.
Je demanderais aux personnes qui n'ont pas d'informations sûres d'avoir la gentillesse de ne pas répondre à mon cas, même si je sais que c'est dans le but de m'aider, cependant trop d'informations parfois contradictoires tuent l'information!
Merci pour votre compréhension et merci aux professionnels qui voudront bien me répondre.
SG