DEDUCTIBILITE DE CHARGES DE TRAVAUX LORS D'UN BAIL A CONSTRUCTION

Bonjour
Ma SCI a conclu un bail à construction de 18 ans avec ma SARL.
L'administration fiscale me reproche d'avoir déduit des travaux sur la SCI au lieu de la SARL sous prétexte qu'un bail à construction a été établi.
La SCI peut-elle déduire des travaux effectués sur la propriété en sa qualité de propriétaire ou bien seule la SARL peut le faire ?
Il est à noter qu'au moment des travaux, le bail consenti à compter du 01/01/2011 n'était pas encore signé. Ce dernier a été enregistré par un notaire le 15/10/2013. D'autre part, les travaux étaient urgents à réaliser car il s'agissait de consolidation de murs porteurs et d'installation d'eau potable, conditions obligatoires pour que la SARL puisse jouir de la propriété et conclure un bail.