Refus de titre de sejour conjoint d'u citoyen EU

Bonjour,

Je suis de nationalité Tchèque travaillant ici en France depuis 4 mois comme salarié (j'ai même demander un titre de séjour salarier même si je ne suis pas obligé de le faire).
Ma conjointe est de nationalité Algérienne, mais qui a reçu un titre de séjour Tchèque de 5 ans (qui expire en 2018).
On allons déposer pour un titre de séjour motif conjoint d'un citoyen EU à la préfecture d'Evry Val d'Essonne ont ma rejeter le dossier le jour du dépôt pour motif « ma conjointe est de nationalité Algérienne soumis à l'accord franco-algérien 1968 " . En me faisant comprendre qu'il y a aucun moyen pour elle (rejet de dossier sans plus d'explication).
Alors qu'on allons chercher bien sûr internet, j'ai trouvé que le titre de séjour conjoint d'un citoyen EU est soumis à la loi européenne et non à la loi Française et que la loi Européenne prend le dessus en cas de conflit entre les deux. Et celons la loi européenne la conjointe a le droit d'avoir ce titre de séjour sans problème est que les accords Franco-Algériens ne s'applique pas dans ce cas.
Ma question est ce que, j'ai raison et que ma conjointe a le droit d'avoir ce titre de séjour sans avoir de complication à cause de l'accord Franco-Algériens 1968. Et si c'est oui comment je dois le justifier devant la préfecture.
Je vous remercie d’avance pour tous vos réponses et vos conseils, recevez mes sincère salutation.