Plus value sur vente murs boutique

bonjour
j'ai acheté en 2001 les murs du magasin dont j'étais locataire à un prix très bas car j'ai laissé le propriétaire vendre , par ailleurs, un batiment attenant qui faisait partie de mon bail et dont il ne pouvait donc disposer ; si je veux revendre la plus value sera effrayante ; puis-je éventuellement déduire de celle-ci des travaux effectués en 2000, c'est -à dire avant la signature de l'achat ?
D'autre part, le lot que j'ai acheté comprenait un appartement au-dessus de la boutique: comment déterminer le prix de chaque lot si je revend séparément ?
merci de votre attention