Déficit foncier réparations et changement de destination

Bonjour,
J'ai acheté un cabinet médical vétuste (45 ans) afin de le transformer en 3 logements.
Ce changement de destination a fait l'objet d'une demande préalable et non d'un permis de construire car les travaux ne portent pas sur le gros oeuvre, n'impactent pas les planchers et murs porteurs et qu'il n'y a aucun impact sur l'aspect extérieur du bâtiment.
Les devis effectués par les artisans portent pour leur grande majorité la mention "en remplacement de l'existant vétuste" est sont donc bien des travaux de réparations et d'entretien qui auraient été dans tous les cas nécessaires compte tenu de leur état au moment du changement de destination (moquette de 45 ans usée jusqu'à la dalle sous les bureaux des médecins, chaudière vétuste âgée de 17 ans, ballon d'eau chaude fuyard, fenêtres et volets en bois âgés de 45 ans, installations électriques et gaz identifiés comme dangereux lors du diagnostic effectué pour la vente car pas de terre, prises descellées, pas de ventilation du local de la chaudière...).
Les travaux d'amélioration (non déductible dans mon cas car liés au changement de destination) ont bien été identifiés comme tel (aménagement de 3 douches, création de 2 cuisine...). Il en est de même pour les travaux avérés nécessaires pour dissocier le cabinet médical afin d'assurer la séparation en 3 logements (donc, non déductibles).
L'administration me refuse l'imputation en déficit foncier des travaux de réparation (travaux liés au remplacement des éléments vétustes existants), et ce, en contradiction avec le BOI 5 D-2-07 du 23 Mars 2007 qui dit bien en page 71 que "les dépenses (de réparation) engagées en vue de modifier la destination d'un immeuble dans la mesure ou il s'agit de réparations qui auraient été en tout état de cause nécessaires, compte tenu de l'état de l'immeuble au moment du changement de destination (demeurent déductibles et imputables en déficit foncier)".
Je précise que tous les devis effectués par les entreprises dissocient bien les dépenses de réparations effectuées (remplacement à l'identique de l'élément vétuste existant) des dépenses d'amélioration (création de 3 douches, création de 2 cuisine, création de 2 cloisons séparatives afin de constituer les 3 logement, mise en place d'une nouvelle porte d'entrée), elles sont donc bien dissociées des autres dépenses et bien identifiables comme non déductible.
Je suis consterné par le jugement de l'administration et n'arrive pas à comprendre la position des services fiscaux.
Je précise, en appui de ma position, qu'un maître de conférences en droit fiscal de l'université de Perpignan a fait un article sur le sujet dans la revue de droit fiscal N°16 du 18 avril 2013 et a déjà bien identifié ce problème (Page 9) et la non prise en compte de cette décision rendue en Conseil d'Etat dans les doctrines des services des impôts.
Que dois-je faire?
Je précise, qu'afin d'être certain de ne pas me mettre en écart avec les services fiscaux, l'ensemble des justificatifs leur ont été adressés dans le cadre d'une demande de position sous couvert d'un rescrit fiscal (document opposable en droit), rescrit me déboutant de l'intégralité de mes demandes d'imputation au titre du déficit foncier des dépenses de réparations entreprises.
J’ai fait une demande de réexamen par le collège des services des impôts en charge de la fiscalité des revenus fonciers... mais je suis en manque d'arguments... d'autant plus si un arrêt du Conseil d'Etat est non pris en compte dans les doctrines fiscales...
Merci d'avance pour votre aide.
Bien cordialement