Mise en invalidité niveau 2

Bonjour,
Je suis atteinte de Tumeurs neuro endrocrines, problème de santé découvert en septembre 2002. J’ai subi plusieurs interventions chirurgicales, puis de la chimiothérapie et je suis en cours d’un traitement par Sutent. Ce traitement me fatigue donc je suis en arrêt de travail jusqu’au 15 février 2013.
Sur les 10 ans de maladie, j’ai été arrêtée en 2003 puis en 2004 j’ai travaillé en mi temps thérapeutique. Puis les années suivantes, selon intervention ou chimiothérapie, des arrêts ont été faits mais j’ai toujours repris mon travail à temps plein.
Lundi 3 décembre j’ai été convoquée par un docteur conseil de la CPAM pour un point sur mon arrêt. J’ai demandé plus d’explications par téléphone, et je n’ai rien obtenu. Lors du RV, le médecin conseil m’a demandé si une de mes opérations en janvier 2010 était liée à mes tumeurs, j’attends la réponse du professeur qui me suit. Le médecin conseil prévoit de me mettre en invalidité niveau 2 à partir du 5 janvier 2013. Je vais perdre environ 60 % de mon salaire. Impossible pour moi d’avoir une telle réduction de salaire.
Suite à mes recherches internet j’ai appris qu’il ne fallait pas dépasser 360 jours d’arrêt pendant 3 ans. J’aimerai savoir si ces 360 jours doivent être tous liés à mon ALD, car certains arrêts n’étaient pas liés. D’autre part, doit-on compter les weekends dans le compte des 360 jours ? Si je conteste cette invalidité, quelles sont les conséquences ?
Merci beaucoup pour votre réponse,
Cordialement,

J'ai une précision, le montant de mon invalidié serait de 1375 € brut et quand je regarde les versements des IJ de la sécurité sociale à mon employeur, le montant est inférieur. Alors pourquoi me mettre en invalidité si je coûte plus cher à la sécurité sociale ?
Dans l'attente de vos commentaires.
Merci