Invalidité pour inaptitude ou longue maladie, indemnités, allocat

Bonjour à tous et à toutes,
Depuis 2005, je suis atteinte d'une "longue maladie" récidivante; Lors d'une première rémission, j'ai fait la demande de reconnaissance de qualité de travailleur handicapé (RQTH, janvier 2009) auprès de la MDPH qui l'a acceptée jusqu'en 2014 et ai trouvé un emploi.
Depuis quelques temps la maladie a récidivé entraînant une cécité de l'un de mes yeux, et une incapacité de travailler sur mon actuel emploi ( 150 kms/jour en voiture entre autres). depuis le 21 aout 2012, je suis en arrêt de travail ( traitement expérimental contraignant).
Mon médecin souhaite, à cause de multiples pathologies concomitantes, me mettre en invalidité permanente ( je suis toutefois à la recherche d'un travail plus adapté et proche de mon domicile) et me dit qu'il faut que je voie avec le médecin du travail afin de demander un licenciement pour inaptitude. J'ai peur que cette qualification ne me desserve si un employeur consulte mon cv). Je sais qu'il existe également le licenciement pour longue maladie.
Les questions que je me pose sont les suivantes:
Des indemnités ou pension, sont elles versées par la sécurité sociale et comment sont elles calculées?
En outre, pendant 3 mois, mon salaire a été versé intégralement et vient de chuter à 78ù ( indemnités journalières sécurité sociale+ complémentaire prévoyance à laquelle ns cotisons mon employeur et moi)
Puis je demander, en m^me temps que la demande d'invalidité auprès de la mDPH, une AAH?
Quels sont les moyens financiers dont je puis disposer pour compenser la perte de salaire?
En outre pendant les 3 premiers mois d'arrêt, j'ai percu mon salaire intégral, diminué depuis peu ( 4ème mois) à 78% ( correspondant aux indemnités journalières + prévoyance a laquelle mon employeur et moi cotisons).
Je sais que cela fait beaucoup de questions et je m'excuse de la longueur de ce post. Je souhaitais que vous ayez toutes les données en main...
Je vous remercie et vs souhaite une bonne journée.