Séparation et garde d'enfant

Bonjour,
J'ai 31 ans et une petite fille de 2 ans et demi. Je souhaite quitter mon conjoint (avec qui je suis pacsé depuis juin 2008) depuis quelque temps mais je n'arrivais pas à franchir le pas. Maintenant c'est décidé je vais partir, mais pas sans ma fille. Mon conjoint ne sais pas que je compte le quitter, mes parents sont en train d'acheter un appartement que je louerais par la suite. Je souhaiterais avoir plusieurs renseignements.
Puis je faire une demande de garde pour ma fille devant le JAF avant que le PACS soit rompu?
Une fois que j'ai annoncé la rupture à mon conjoint je souhaite partir dans la foulée car j'ai peur de sa réaction (c'est un homme impulsif), est ce que je peux partir avec ma fille dans mon nouvel appartement avant d'avoir fait la demande auprès du JAF? et même si le papa n'est pas d'accord.
J'ai appris qu'une décision de JAF peut prendre 3 mois avant qu'il statut sur la résidence de l'enfant. Pendant cette durée comment s'organise la garde de l'enfant?
Je vous remercie à l'avance.
Cordialement