Apport entreprise = revenu ????

Bonjour,
Ma femme est en entreprise individuelle, declaration BNC, agessa (artiste auteur ) pour les cotisations de l'agessa. Ayant des soucis de trésorerie (paiement éditeur à parution+ retard indécent, donc 4 à 6 mois après parfois) et pas de soutien de sa banque, elle a fait appel a un prêt famillial (sans contrat d'huissier) pour combler un gros découvert.
Elle croit se rapeller que lors des fois précédentes, son comptable a compté cet apport
comme faisant partie de son chiffre d'affaire, gonflant anormalement ses revenus et ses cotisations de charges sociales.
ça me paraît anormal.
Alors apport a l'entreprise rentre dans le chiffre d'affaire ????