Modification d'un permis de construire

Peut-on après dépôt d'un permis de construire toujours à l'étude, apporter une modification sans que cela ne nuise au projet initial. Je pensais y avoir droit, ors la mairie à refuser de me donner un récépissé. Réponse de la mairie "pas recevable tant qu'il n'y a pas de réponse pour la demande initiale". Il y a bien eu une réponse des bâtiments de France que refusait le dossier présenté, qu'il demandait une modification et il nous conseillait de déposer cette modification.
Que dois-je en penser, la mairie a-t-elle le droit de s'opposer à cette demande??
Merci pour votre réponse.