Période d'essai terminée ?

Bonjour,

Je ne m'y connais pas trop en droit du travail et j'aurais besoin de vos conseils sur deux points.
Ma période d'essai arrive à terme dans quelques jours et j'ai reçu un recommandé de ma boite la prolongeant de 3mois supplémentaires.
Tout d'abord est-ce que le fait d'avoir pris des congés anticipés et des rtt a t-il rallongé ma période d'essai (c'est en tout cas comme ça que eux m'ont exposé les choses. Les 4 congés anticipés pris car la boite fermait pour les fêtes de fin d'année semble avoir rallongée celle-ci).
Autre point j'ai trouvé sur internet article du code du travail récent (juin 2008) qui pourrait me sauver la mise. Il dit en gros (dans mon cas) que du fait que j'ai fait mon stage de fin d'études dans l'entreprise ma période d'essai est diminuée de moitié.
Pour information mon stage de fin d'études s'est déroulé dans la boite actuelle ou je suis en période d'essai et il s'est déroulé entre avril et fin septembre 2008. Ma convention collective est la métallurgie.

http://www.legifrance.gouv.fr/affichCodeArticle.do;jsessionid=A9D218925327EC0DCF246CB44FCB0A78.tpdjo02v_2?idArticle=LEGIARTI000019071100&cidTexte=LEGITEXT000006072050&dateTexte=20090124

La question est : est-il applicable ? Si oui est-ce un dû ou bien était-ce à négocier (car dans mon contrat c'est écrit que la période d'essai est de 3 mois).
Suis-je toujours en période d'essai ?