Indemnités de fonctionnaires : brut ou net

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Bonjour,
Je souhaiterais savoir si les indemnités versées aux fonctionnaires sont soumises aux charges sociales. Autrement dit, est-ce qu'elles sont ajoutées au salaire net ou au salaire brut? Existe-t-il des textes à ce sujet?
Enfin, en cas d'erreur de la part de l'employeur sur une période donnée, quels sont les droits de l'employé?

Merci d'avance