Formation et congés en contrat de professionnalisation

Bonjour,

A la fin de mes études d'architecture, j'ai signé un contrat de professionnalisation de 6 mois pour obtenir la licence d'exercice. Durant cette période et dans le cadre de cette licence d'exercice, j'ai suivi au total 4 semaines de formation.
Hors, mon employeur a considéré qu'étant absent de l'agence durant ces 4 semaines de formation, je devais poser des jours de congés.

Aujourd'hui, je suis embauché en CDI dans la même agence, avec un solde de jours de congés disponibles négatif et évidemment colossal, j'ignore combien d'années il me faudra pour combler ce déficit.

Mon employeur avait il le droit de me prendre des jours de congés lors des périodes de formation? Quel recours ai-je aujourd'hui pour qu'on me redonne les jours de congés que l'on m'a pris de manière injustifiée, selon moi?

Merci d'avance pour votre aide.